Отрывы тромбов клапанов аорты могут сопровождаться эмболией сосудов большого круга с образованием инфарктов миокарда, очагов размягчения мозга (на почве закупорки сосудов мозга эмболами), но чаще всего анемические инфаркты образуются в селезенке и почках. Хронический септический процесс закономерно влечет за собою развитие хронической гиперплазии селезенки, достигающей больших размеров (до 500 г и больше).
При этом в селезенке наблюдается усиленное кровенаполнение, гиперплазия ретикуло-эндотелия (размножение клеток и образование аргирофильных волокон), гиперплазия лимфоидной ткани фолликулов и утолщение фиброзной капсулы. Развитие хронического септического эндокардита закономерно сопровождается поражением почек — очаговым нефритом.
В петлях клубочков появляются очаги фибриноидного некроза, а далее картины, напоминающие гломерулонефрит. Эти изменения, как правило, поражают лишь некоторое количество клубочков, т. е. не являются диффузными и не влекут за собою развитие почечной недостаточности.
Появление в петлях клубочков вещества, окрашивающегося как фибрин, вызвало в свое время представление о наличии в них микро-эмболов, оторвавшихся от пораженных клапанов сердца.