В желудке и тонкой кишке находят резкое полнокровие слизистой, отек подслизистой оболочки. В желудке отмечаются очаговые кровоизлияния разных размеров, которые локализуются в слизистой и подслизистой оболочках, В толстой кишке иногда отмечается лишь незначительный отек подслизистой.
В области адвентииии сосудов кожи, мягких мозговых оболочек и веществе мозга обнаруживаются небольшие инфильтраты, состоящие из лимфоидных клеток и макрофагов. В некоторых сосудах мозга определяются набухание и пикноз ядер клеток эндотелия. В головном мозгу — нарушения кровообращения, наиболее значительные в коре, белом подкорковом веществе и в подкорковых узлах. В симпатических узлах наиболее интенсивные изменения с гибелью части нервных клеток определяются в верхнем шейном симпатическом узле. Частым осложнением крымской геморрагической лихорадки является мелкоочаговая пневмония с преобладанием в эксудате сегментоядерных лейкоцитов, а местами и эритроцитов. Осложнением основного заболевания может быть гнойно-геморрагический паротит.